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Ein gro§es Dankeschšn an alle Teilnehmer der ersten Stunde!
(15 September 2001)

Tausend Dank an alle, die schon Ergebnisse an evolution@home eingeschickt haben.Trotz der noch ziemlich umstŠndlichen manuellen Arbeit die dafŸr nštig ist, haben Sie sich nicht davon abhalten lassen, etwas zur Erforschung evolutionŠr-genetischer Ursachen des Artensterbens beizutragen. Auch die fehlende RŸckmeldung darŸber, ob alles gut angekommen ist hat Sie nicht entmutigt. Daher sei an dieser Stelle gesagt:
Ja, die Results-files kommen an und sie werden gebraucht. Das bleibt auch dann so, wenn diese Website nicht so hŠufig aktualisiert werden kann und die automatische High-Score Erzeugung noch nicht fertig ist. Bis dahin dauert es noch etwas und erst danach kann der vielfach geŠu§erte Wunsch in Angriff genommen werden, dem Simulator eine graphische OberflŠche und automatische Funktionen zu verleihen, die neue Run-files holen und  Ergebnisse einschicken. Die erste Vorauswertung (alle Daten bis 13. August 2001) hat ergeben, da§ Sie zusammen mit den etwa 120 anderen Teilnehmern knapp 5 Jahre Rechenzeit zu dem Projekt beigetragen haben.

Bis der vollautomatische Simulator verfŸgbar sein wird empfehlen wir Ihnen, solche Run-files auszuwŠhlen, die lange computing times (Rechenzeit) benštigen. So kšnnen Sie mit einem Run-file ihren Rechner sehr lange beschŠftigen; so fŠllt kaum auf, da§ evolution@home momentan nur halb-automatisiert ist. FŸr die Ergebnisse selbst ist es au§erdem egal, ob sie von einem eleganten graphischen Programm oder von einer altmodischen Kommandozeilenversion berechnet wurden. So lŠ§t sich die Zeit besser ŸberbrŸcken, bis eine wirklich benutzerfreundliche vollautomatische Version vorliegt.

Machen Sie sich keine Sorgen darŸber, ob irgendeine Simulation doppelt lŠuft oder was passiert wenn eine Simulation gewaltsam unterbrochen wird. Beide FŠlle sind bei der Konstruktion des Systems bedacht worden und werden automatisch sinnvoll verwertet. Ihre Mithilfe wŠhrend dieser frŸhen Phase von evolution@home ist wirklich wichtig und kommt an , auch wenn momentan noch die Software zum regelmŠ§igen automatischen Website update fehlt. Sobald diese vorliegt, werden die bis dahin angesammelten Highscores veršffentlicht. Wenn Sie Fragen haben, oder sich nicht sicher sind, ob Ihre Ergebnisse ankommen, dann schicken Sie doch einfach eine email an info@evolutionary-research.net.

Helfen Sie mit bei der Erforschung von genetischen Ursachen fŸr das Artensterben, indem Sie den evolution@home Simulator fŸr Windows und MacOS auf Ihrem Rechner im Hintergrund laufen lassen (25 Mai 2001)

Ihnen liegen die bedrohten Arten am Herzen? Sie interessieren sich ganz allgemein fŸr die Evolution des Lebens auf der Erde? Sie sind ein Spezialist fŸr die Evolution von Sex? Dann werden Sie den neuen Simulator von evolution@home herunterladen wollen. Damit kšnnen Sie auf Ihrem Computer sinnvolle Evolutionsforschung betreiben, wŠhrend Sie Kaffee trinken oder das Wochenende genie§en.

Dieser erste Simulator knšpft sich ein Problem aus der Populationsgenetik vor: Mullers Ratsche in asexuellen Populationen. Im Wesentlichen beschreibt die Ratsche die zufŠllige Ansammlung geringfŸgig nachteiliger Mutationen im Erbgut Ÿber lange ZeitrŠume. Wenn das in einer Art passiert, dann kann sein, da§ sie ausstirbt, und zwar nicht aus škologischen, sondern aus genetischen GrŸnden: Die fittesten Individuen, die diese Art dann noch hat werden von immer mehr geringfŸgig nachteiligen Mutationen durchsetzt. Das ist zwar harmlos, solange es noch wenige solcher Mutationen gibt, wird aber hšchst gefŠhrlich, wenn solche Mutationen sehr hŠufig werden. NatŸrlich klickt Mullers Ratsche nicht Ÿberall (jeder Klick entspricht dem Velust des jeweils fittesten Individuums).

Evolutionsgenetiker versuchen seit mehr als 25 Jahren vorherzusagen, wie schnell Mullers Ratsche klickt, um so die langfristigen Folgen abzusehen. Dabei hat sich gezeigt, da§ eine umfassende Lšsung fŸr dieses Problem schwer zu finden ist, auch wenn einige Vorhersagen mit hinreichender Genauigkeit gemacht werden kšnnen. In vielen FŠllen ist jedoch immer noch schwer absehbar, wie sich die Ratsche verhalten wird.

Und hier kommt der aktuelle Simulator ins Spiel: Durch systematisches Absuchen  mšglicher Ausgangssituationen wird unser VerstŠndnis fŸr Mullers Ratsche zunehmen. Schlu§endlich wird dadurch eine Datenbank von Simulationsergebnissen erzeugt, die tausende von Jahren Rechenzeit wert ist. Das wird Biologen helfen, einfach die Folgen von Mullers Ratsche fŸr die Organismen vorherzusagen, mit denen sie tŠglich arbeiten - ohne alle technischen Details zu verstehen. Theoretiker werden diese Datenbank nŸtzen kšnnen, um bessere Vorhersagen fŸr die Ratsche zu entwickeln, indem sie ihre Theorien mit den vorhandenen Simulationsergebnissen vergleichen kšnnen. Au§erdem wird es durch Vergleiche dieser Datenbank mit den typischen Eigenschaften heutiger Lebewesen mšglich, abzuschŠtzen, welche Rolle der evolutionŠre Zerfall von Genomen (genomic decay) durch Mullers Ratsche bei dem beobachteten Artensterben spielt. Nicht unwichtig, wenn man dagegen kŠmpfen will.

Der aktuelle Simulator ermšglicht es Ihnen, an diesem Abenteuer teilzunehmen, wenn Sie dazu bereit sind, mit der manuellen Version zu arbeiten. Da der Start des Projekts bislang wichtiger war als seine vollstŠndige Automatisierung, ist der Simulator momentan noch ein Konsolenprogramm ohne graphische OberflŠche, das von Hand mit Eingabedateien versorgt werden mu§ und dessen Ergebnisse Sie per Email einschicken mŸssen. Dennoch ist der Aufwand Ihrerseits sehr klein, besonders wenn Sie sich Eingabedateien aussuchen, die Ihren Rechner fŸr Wochen beschŠftigen. Der Simulator ist so programmiert, da§ Sie wŠhrenddessen ruhig Ihre tŠglichen Programme benŸtzen kšnnen: Ihre Programme haben immer den Vorrang, der Simulator nimmt sich nur die Rechenzeit, die Sie Ÿbriglassen.
Davon abgesehen, da§ Sie als Teilnehmer wahrscheinlich Ihren Computer angeschaltet lassen, wenn Sie ihn normalerweise abschalten wŸrden, gibt es keine versteckten Kosten. Die zu Ÿbertragenden Dateien sind insgesamt klein und auch dann nur so gro§, wie Sie es wollen. Automatische †bertragung von Daten findet Ÿberhaupt nicht statt. Sie haben also die vollstŠndige Kontrolle. Eine ausfŸhrliche englischsprachige Anleitung  ist Ÿber das Web verfŸgbar und wird auch mit dem Simulator mitgeliefert. Eine deutsche Zusammenfassung aller wesentlichen Punkte finden Sie auf dieser Site.

Doch was haben Sie davon, wenn Sie mitmachen? Wir kšnnen Ihnen nicht die Gelegenheit bieten, 1000 DM zu gewinnen, weil dies ein nicht-kommerzielles Forschungsprojekt ist. (Wenn Sie Geld wollen, sollten Sie zu einem der anderen globalen Rechenprojekte gehen, die welches verteilen. Doch seien Sie gewarnt: So sind noch nicht viele Leute reich geworden.)
Wir laden Sie ein, die Ergebnisse die Sie berechnen zu personalisieren . So werden Sie auf der Hšchstpunktzahlliste aufgefŸhrt, sobald diese erstellt wird. Dort kšnnen Sie auch einen Link auf Ihre Homepage setzten.
Viel interessanter dŸrfte jedoch die Tatsache sein, da§ Sie mithelfen, die Prozesse zu verstehen, die so viele Arten auf unserem Planeten bedrohen. Sie stellen sich damit auf die Seite derer, die versuchen, Leben zu retten.

Denken Sie darŸber nach und kommen Sie dann mit in das Abenteuer der Suche nach den Geheimnissen der Evolution des Lebens auf unserem Planet Erde.

Mit verŠnderter Strategie wird evolution@home bald starten
(1 MŠrz 2001)

Die Entwicklung der nŠchsten Version der Programmierumgebung Eepsilon dauert lŠnger als erwartet. Um dennoch die momentan drŠngendsten Fragen beantworten zu kšnnen, wird gerade schon vorliegender Code Ÿberarbeitet um verteilte Simulationen zu vereinfachen. So wird evolution@home in den nŠchsten Wochen fŸr die beginnen, denen es nichts ausmacht, sich ein paar SchlŸssel von einer Website zu holen und Ergebnisse per email zurŸck an evolutionary-research zu schicken

Die Kernstrategie von evolutionary-research bleibt weiterhin die Entwicklung von Eepsilon, einer Programmierumgebung, die auf das Lšsen evolutionŠrer Fragestellungen besonders zugeschnitten ist. Global verteiltes Rechnen gehšrt hier fast schon wie von selbst dazu, weil die KomplexitŠt der Aufgaben so gro§ ist. Daher wurde kein Aufwand gescheut, um Eepsilon so flexibel und langfristig nutzbar wie mšglich zu machen. Das brauchte Zeit und wird auch noch einige Zeit brauchen.
Inzwischen gab es jedoch einige Nachfragen, wann denn evolution@home endlich starten wŸrde. Auch bei evolutionary-research stieg die Neugier. WŠhrend schon einige vorlŠufige Simulationen zu Mullers Ratsche durchgefŸhrt werden konnten, fehlt uns einfach die Rechenkraft, um einige sehr interessante Probleme zu lšsen.
Daher wurde eine einfache Entscheidung getroffen: Die Entwicklung der allgemeinen Programmierumgebung wird einen Moment warten mŸssen und der Code, der von der letzten Designversion von Eepsilon noch vorliegt, wird fŸr die anstehenden Fragestellungen verwendet werden. Das bedeutet allerdings auch, da§ die ganzen VorzŸge der neuen Entwicklungsumgebung fŸr diese ersten Simulatoren nicht zur VerfŸgung stehen werden.

Praktisch bedeutet das, in den nŠchsten Wochen kšnnen Sie ...

• das Programm aus dem Internet herunterladen und in einem eigens dafŸr eingerichteten Ordner auf Ihrer Festplatte ablegen.
• sich auf der Website von evolutionary-research die SchlŸssel hohlen, um die RechenauftrŠge zu starten, die Sie zu rechnen bereit sind. Dabei kšnnen Sie zwischen vielen Mšglichkeiten wŠhlen, was Rechendauer, RAM-Bedarf und die Grš§e der Ergebnisdateien, die Sie per email zurŸckschicken, betrifft.
• Ihre SchlŸssel in eine Textdatei kopieren
• diese Datei speichern Sie unter dem Namen `run` und legen sie in dem Ordner ab, in dem auch das Simulator-Programm ist.
• das Programm starten (und dabei Ihren Namen eingeben, wenn Sie die Ergebnisse personalisieren wollen). Das Programm wird automatisch das `run`-file lesen und die Ergebnisse in die Datei `results.txt` schreiben. (Dabei wird auch ein `log`-File erzeugt, in dem verschiedenes Ÿber den Verlauf der Simulation festgehalten wird)
• jeden SchlŸssel so lange laufen lassen, bis die entsprechende Simulation fertig ist. ZwischenzustŠnde speichern ist mit dem momentanen Code nicht mšglich. Suchen Sie sich also die Rechenzeit aus, die Ihnen liegt.
• die von Ihnen errechneten Ergebnisse zurŸck an evolutionary-research senden, indem Sie einer entsprechenden Email an die dann bekanntgegebene Adresse die `results.txt` Datei anhŠngen

Deutsche Website von evolutionary-research online
(4 Dezember  2000)

Soeben wurde ging die deutsche Website von evolutionary-research online. Wir wŸnschen allen Interessenten viel Spa§ mit dem zweiten global verteilten Rechenprojekt das in Deutschland entstanden ist. (Xpulsar@home aus TŸbingen waren die ersten).

Weitere, englischsprachige News finden Sie auf der entsprechenden Seite von evolutionary-research, also hier.

©  by evolutionary-research, letzte €nderung Samstag, 15. September 2001. Kontakt